JFolder::create: Путь не в пределах значения переменной open_basedir

А почему не в пределах. Ведь он создает в кроне джумлы не за ее пределами. Это вы обратитесь к админам своего хостинга. По идее от корня джумлы и в глубь все должно быть в пределах.

Атрибуты "Владелец" и "Группа" папки uploads и всего содержимого отличались, а Cobalt создаёт новую папку с одинаковыми Атрибутами "Группа" и "Владелец", может в этом причина, изменил на те что Cobalt устанавливает при создании новой папки.

Самое интересное, предупреждение пишет, но папку создаёт корректно, чтобы опять поймать данное предупреждение, нужно месяц ждать.

А фтп настроки настроены в настройках джумла? Это единственный метод что бы быть веренным что все будет принадлжать фтп пользователю.

FTP отключен в настройках Joomla, я его закрываю на сервере в Брандмауэр (firewall), открываю только когда мне это нужно.

Ну там же будет локалхост. Должно работать все равно.